La guerra de guerrillas
Después de la batalla de Palonegro, los liberales no pudieron librar más enfrentamientos del modo tradicional y se dedicaron a la guerra de guerrillas, centraron sus ataques en Cundinamarca, Tolima, el Magdalena Medio y los Llanos Orientales. Situación que aumentó el bandolerismo, el robo de ganado y la destrucción de cultivos.
En este momento, la guerra se les había salido de las manos a las élites políticas de Bogotá. Ya muchas de las cuadrillas guerrilleras liberales actuaban sin ordenes de la dirección liberal. Esto generó en las élites los primeros intentos para negociar un tratado de paz.
Si los liberales estaban conscientes de la imposibilidad de ganar la guerra, parte de los conservadores, a su vez, sabían que era poco probable aplacar en un corto lapso de tiempo la rebelión liberal. Por lo tanto, el 31 de julio de 1900, los conservadores históricos derrocaron a Sanclemente y pusieron en el poder al vicepresidente Marroquín, con la esperanza de que iniciara las negociaciones de paz. Pero, ya en el poder, Marroquín endureció su posición en contra de los liberales, lo que frustró cualquier acercamiento entre las dos partes en conflicto.